O ultrassom morfológico é uma variação do ultrassom convencional. Ele é normalmente feito entre a 11ª e 14ª semana ou 20ª e 24ª semana da gravidez. Nestas épocas pode-se ver o feto ainda por inteiro dentro do útero e com maior facilidade do que nas semanas posteriores, e com mais clareza do que nas semanas anteriores. A ultrassonografia morfológica ainda mostra com detalhes todos os órgãos internos do bebê, evidenciando se há algum problema ou se o desenvolvimento do bebê está indo bem.

Órgãos como estômago, pulmão, coração, bexiga e rins são visualizados no ultrassom morfológico. O exame também mostra presença de osso nasal, quinta falange (presença do quinto dedo da mão do bebê). Além de fazer uma medição minuciosa das veias e artérias do cérebro e do coração do bebê. Os ossos também são pontos importantes no ultrassom morfológico, sejam na coluna do bebê, a cervical, o fêmur, o úmero e outros, todos são checados para saber se estão se desenvolvendo conforme as semanas de gestação.